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Uranin ist aufgrund seiner sehr hohen Nachweisempfindlichkeit, der geringen Sorptionsneigung und des relativ niedrigen Preises der am besten geeignete und auch am häufigsten eingesetzte Fluoreszenztracer. Unter günstigen Bedingungen können in optisch reinem Grundwasser Nachweisgrenzen bis 0.001 ppb erreicht werden (entspricht 0.001 m g/l bzw. einem Massenanteil von 1: 10-12).

Die Sichtbarkeitsgrenze der Fluoreszenztracer ist hauptsächlich von der Schichtmächtigkeit des Wassers abhängig. In einem weiß gekachelten Wasserreservoir können Uranin-Konzentrationen von wenigen ppb bereits schwach sichtbar sein. In einer gefüllten Badewanne liegt diese Grenze bei etwa 10 ppb und in einer Wasserprobe (1 Liter) bei etwa 70 ppb. Mit 500 g Uranin können Schiffbrüchige eine Meeresfläche von ca. 4000 m2 auffällig färben. Die hier angegebenen Sichtbarkeitsgrenzen können als Richtwerte auch auf die anderen farbigen Fluoreszenztracer übertragen werden.

Der Farbstoff wird vielfältig eingesetzt, insbesondere zum Einfärben von Schaumbädern, Badezusätzen, Shampoos, Kosmetika und Frostschutzmitteln für Autokühler (um der Kühlflüssigkeit die Zugabe von Frostschutzmittel ansehen zu können).

Uranin wird auch zur Dekoration eingesetzt, zum Beispiel für Leuchtfarben in Diskotheken oder Szenenbildern (in Sciencefiction- oder Horrorfilmen: mit UV- Licht angestrahltes Uranin wirkt "giftig-radioaktiv").

Jedes Jahr am 17. März, dem St. Patrick’s Day, wird der Chicago River, der durch Chicago fließt, mit Uranin grün eingefärbt. 1962 wurden dafür noch 45 kg des Farbstoffes verwendet, heute (2005) wurde die Menge auf 18 kg reduziert.

Wie einige andere Fluoreszenzfarbstoffe ist auch Uranin lichtempfindlich, was bei Grundwassermarkierungen aber nur bezüglich der Probenentnahme und Aufbewahrung von Bedeutung ist. In sauren Wässern mit pH-Werten unter 5.5 erhält Uranin deutlich sorptive Eigenschaften, weil eine Änderung in der Molekülstruktur erfolgt. Durch Oxidationsmittel wie Chlor, Chlordioxid oder Ozon, welche häufig bei der Trinkwasseraufbereitung verwendet werden, wird Uranin zerstört.